اختلاف میان علی خطیر و جواد نکونام که در ابتدای فصل هم وجود داشت، در نهایت با پادرمیانی علیرضا دبیر حل و فصل شد. اما با آغاز فصل نقل و انتقالات زمستانی بار دیگر اختلافات میان علی خطیر و جواد نکونام شدت گرفت و با توجه به طرح در رسانه‌ها همه از آن باخبر شدند و این نگرانی‌هایی را برای تماشاگران تیم ایجاد کرده است. فصل گذشته هم اختلاف میان ریکاردو ساپینتو علی فتح‌الله‌زاده موجب شد، استقلال دو جام از دست دهد و در نهایت از حضور در بازی‌های لیگ قهرمانان آسیا هم محروم شود.

در حالی که در روز‌های اخیر خبر از برکناری خطیر به میان آمده بود وزارت ورزش و جوانان به صراحت اعلام کرد؛ چنین ایده‌ای ندارد و تلاش خواهد کرد اختلافات میان علی خطیر و جواد نکونام برطرف شود. این در مصاحبه معاون وزیر ورزش و جوانان مشهود بود. اسبقیان در این باره گفت: «وزارت ورزش همواره توصیه می‌کند که افراد از اختلافات بپرهیزیم. به هر حال این موضوعات حل و فصل می‌شوند. همه باشگاه‌ها از جمله پرسپولیس و استقلال مورد حمایت معنوی ما هستند و تلاش می‌کنیم ورود کنیم تا اختلافات برطرف شود. البته این‌ها بحث‌های سلیقه‌ای است.»

گفته می‌شود به زودی با پادرمیانی وزرات ورزش و جوانان نشستی میان علی خطیر و جواد نکونام برگزار می‌شود تا این اختلاف برای همیشه حل شود.