پژوهش‌ها نشان داده اند که گوجه فرنگی پخته مانند سس گوجه فرنگی پخته بیشتر از گوجه فرنگی خام باعث افزایش یک نوع باکتری مفید برای بدن به نام Lactobacillus reuteri و فعالیت آن در روده می‌شود.

بنابر گزارش پژوهشکده گیاهان دارویی، همچنین، پختن گوجه فرنگی باعث می‌شود که lycopene بیشتری از آن در مقایسه با گوجه فرنگی خام در روده جذب بدن شود.