یکی از دلایلی که انگیزه اصلی کشورهای عضو این کمیسیون را برای انحلال آن و تشکیل شورای حقوق بشر را تشکیل می داد روش های دوگانه آن در رسیدگی به وضعیت حقوق بشر بود، که بارها مورد انتقاد کشورهای مختلف قرار گرفته بود. یکی از دلایل دیگری که همواره مورد انتقاد اعضا بوده است عدم برگزاری نشست های مختلف برای بررسی وضعیت حقوق بشر در کشورهای مختلف جهان بود، چرا که گاهی اوقات هیات مدیره این کمیسیون برای بررسی یک موضوع گاه به چندین سال زمان نیاز داشت و این در حالی بود که این کمیسیون به جای برگزاری نشست های ماهیانه فقط یک نشست 6 هفته ای در سال برگزار می کرد؛ این در حالی است که بر طبق برنامه ریزهای انجام شده قرار است شورای حقوق بشر حداقل سالی 10 هفته و در زمان های متفاوت نشست برگزار کند. برخلاف كميسيون ، شورا موظف خواهد بود به طور دورهاي عملكرد حقوق بشر كليه كشورها را كه از اعضاي آن آغاز ميشود ، مرور كند و هيچ كشوري از ديد تيزبين شورا دور نخواهد ماند.
یکی از فرق های دیگر کمیسیون حقوق بشر با شورای حقوق بشر در تعداد اعضای آن است. تعداد اعضاي شورا ۴۷نفر خواهد بود در حالی که كميسيون حقوق بشر ۵۳عضو داشت. شوراي حقوق بشر قرار است در نهم ماه مي سال جاري ميلادي ۴۷عضو خود را انتخاب کند. ۴۷عضو جديد شوراي حقوق بشر با راي مخفي ۱۹۱عضو مجمع عمومي سازمان ملل با اكثريت آراء انتخاب خواهند شد و به این ترتیب شورای حقوق بشر بصورت رسمی در نوزدهم ژوئن فعالیت خود را آغاز خواهد کرد.
یکی از شگفتی های تشکیل شورای حقوق بشر رای موافق کشور کوبا با تشکیل این شورا می باشد در حالیکه این کشور در لیست کشورهای است که آمریکا آنها را به نقض گسترده حقوق بشر متهم کرده است. این موضوع از آنجائی حائز اهمیت است که کشور آمریکا که همواره خود پرچمدار توسعه دموکراسی و نگهبان محافظت از حقوق بشر در جهان می داند خود یکی از مخالفان اصلی تصویب تشکیل این شورا بود.
این در حالی است که کشورهای اسرائیل, پالائو و جزایر مارشال نیز با تشکیل این شورا مخالفت کردند و سه کشور ایران, ونزوئلا و بلاروس نیز به این قطعنامه رای ممتنع دادند. کشورهائی که به این قطعنامه رای ممتنع داده اند دلیل خود را اینگونه عنوان کرده اند که هنوز تردیدهای زیادی وجود دارد که امکان استفاده ابزاری از این شورا وجود خواهد داشت یا خیر.
اما جدا از تمام اظهار نظرهای مثبت و منفی که در خصوص تشکیل شورا مطرح شده است آنچه مسلم است این است که تصویب قطعنامه یاد شده اهمیتی تاریخی دارد چرا که تصویب آن در درون سازمان ملل و مخالفت آمریکا خبر از تولد انقلابی خاموش در درون سازمان ملل متحد می دهد چرا که این بار حتی متحدین اروپائی آمریکا به رغم درخواست این کشور برای مخالفت با قطعنامه با تصویب آن موافقت کردند و در این بین حتی اتحادیه اروپا نقشی اساسی در به تصویب رساندن این قطعنامه ایفا نمود.
سوال مهم دیگری نیز که گذشت زمان جواب آنرا با خود به همراه می آورد این است که آیا علی رغم تصویب شورای حقوق بشر امکان استفاده ابزاری از آن هنوز برای کشورهای قدرتمند باقی است یا خیر؟ جان بولتون سفیر آمریکا در سازمان ملل خواهان آن است که پنج عضو دائمی شورای امنیت یک کرسی در سازمان جدید حقوق بشر سازمان ملل موسوم به شورای حقوق بشر داشته باشند. به گزارش روزنامه واشنگتن تایمز، این حرکت سبب می شود عصبانیت کشورهایی که اعتقاد دارند 5 عضو دائمی شورای امنیت بیش از آنچه لازم است، بر جهان مسلط شده اند، بیشتر شود.
جان بولتون در جمع خبرنگاران اعلام کرد: سنت های گذشته در سازمان ملل به 5 قدرت شورای امنیت اجازه می دهد، در تمام مرکز سازمان ملل که مهم تلقی می شوند، حضور داشته باشند. وی گفت که فکر نمی کند حضور 5 کشور انگلیس و آمریکا و فرانسه و روسیه و چین به عنوان اعضای دائمی شورای امنیت در سازمان جدید مربوط به حقوق بشر مسئله ای باشد که لازم باشد در قوانین این شورا نوشته شود.
برخي از صاحبنظران ميگويند اين شورا حتي با تغيير جزئی كه در طرح اوليه آن ايجاد شده، در نهايت زمينه استفاده سياسي و ابزاري برخي كشورهاي قدرتمند از موضوع ارزشمند حقوق بشر را فراهم كرده است. طبق مقررات سند دستآورد نشست سران کشورهای عضو سازمان ملل در سال 2005، شورای حقوق بشر به جای کمیسیون حقوق بشر در ژنو تأسیس خواهد شد. با وجود حمایت اصولی کشورهای مختلف از این تصمیم، اما انتظارات مختلفی از آن وجود دارد . کشورهای غربی به ریاست آمریکا می خواستند که دامنه کمیسیون حقوق بشر کاهش یافته و تعداد اعضای آن از 53 به 30 کشور کاهش یابد تا کشورهایی که به نظر آنان سابقه نامطلوب در این زمینه دارند کنار بروند .
با این حال کشورهای در حال رشد، تأکید کردند که مساله باید از کنترل انحصاری کشورهای غربی خارج و از سیاسی شدن آن جلوگیری شود. بنابراین، اختلافات زیادی بین کشورهای مختلف در زمینه صلاحیت عضویت شورای حقوق بشر، شیوه گردش آن و غیره وجود دارد. در قطعنامه یاد شده قید شده است که شورای حقوق بشر نهاد وابسته به سازمان ملل بوده و مجمع عمومی سازمان ملل در 5 سال آینده جایگاه این شورا را بررسی و رسیدگی خواهد کرد. 47 کرسی این شورای طبق اصل برابری مناطق، تقسیم خواهد شد.
با وجود تمام بیم ها و امیدهایی که به عملکرد این سازمان نونهال وجود دارد باید منتظر ماند و دید که اولین جلسه این شورا در 19 ژوئن چگونه برگزار خواهد شد. مسلماً عوامل زیادی باید دست در دست یکدیگر دهند تا این شورا بتواند به درستی وظایف خود را انجام دهد تا بتواند نظر مساعد تمام کشورهای جهان را به خود جلب کند. یکی از راههای لازم برای رسیدن به این هدف آن است که کارهای آینده شورای حقوق بشر باید بر اساس قطعنامه انجام شده و مسایل حقوق بشر با شیوه های عادلانه و غیر انتخابی سروسامان داده شود تا از وقوع رویدادهای گذشته درباره مقابله سیاسی کمیسیون حقوق بشر جلوگیری شود. از آنجائی که جامعه بین المللی و کشورهای مختلف و مخصوصاً قربانیان نقض حقوق بشر در سراسر جهان توقعات خاصی از شورای مذکور برای کنترل و افشاگری تجاوزها و بدرفتاری دولتها دارند،بيشتر ملتها اميدوار هستند که اين شوراي جديد ديکتاتوري ظالمانه را از بين ببرد و اقدامات بهتري را برای مقابله با کشورهايي انجام دهد، که با مردم خود بدرفتاري مي کنند. آیا این شورا قادر خواهد بود مانع از جلوگیری فجایعی نظیر "سربرنیتسا" و "رواندا" دارفور، شکنجه زندانیان گوانتانامو و سایر حوادث و اتفاقات مشابهی باشد که هر روزه در اقصی نقاط جهان در حال رخ دادن است؟