بین سالهای ۱۲۳۹ـ ۱۲۳۳ خورشیدی بود که ارتش ایران لوازم داروخانه را از یک حراجی در اتریش خرید و اداره این داروخانه به «هادی خان سرتیپ» سپرده شد. تجهیزات و لوازم داروخانه همه از اتریش راهی ایران و خیابان چراغبرق و داروخانه نظامیه شدند. هادی خان 30 سال متصدی داروخانه بود تا اینکه بعد از مرگش اداره داروخانه از سوی ارتش به «عبدالحسینخان نظامی» از دانشآموختگان رشته داروسازی دارالفنون سپرده شد.
ماجرای کسری بودجه دولت گویا موضوع تازهای نیست و به دلیل پرداخت نشدن حقوق کارکنان از سوی دولت، بابتطلب عبدالحسینخان داروخانه نظامیه از سوی ارتش به او واگذار شد. در این داروخانه که حالا به موزه تبدیل شده است، اسناد و مکاتبات در ارتباط باطلب عبدالحسینخان از وزارت جنگ و دفاتر منظم دواخانه که در آن تاریخ نسخه، نام طبیب، نام بیمار، ترکیب داروها، مواد، مقدار و قیمت دارو درج شده، موجود است.
بعد از مرگ عبدالحسین خان نظامی در سال 1367 داروخانه تعطیل شد. در سال 1381 با تلاش دکتر«زریندخت شرقی» همسر امیرهوشنگ نظامی، آخرین وارث داروخانه نظامی، این داروخانه به موزه ملی تاریخ علوم پزشکی ایران اهدا شد. این داروخانه با کمک عکسهای قدیمی و قطعات باقیمانده از قفسههای داروخانه و هزینه شخصی زریندخت شرقی به شکل سابق بازسازی شده است.