آفتابنیوز : شش ماه پس از این دیدار تاریخی نخستین اجلاس وزرای امور خارجه سازمان کنفرانس اسلامی در جده برگزار شد و دبیرخانه اصلی این سازمان برای هماهنگی میان کشورهای عضو در این شهر آغاز به کار کرد.
در این کنفرانس مقر اصلی سازمان در شهر جده قرار گرفته تا پس از آزادی بیت المقدس به طور دائم به آن شهر انتقال پیدا کند. در حال حاضر کنفرانس سران دولت ها و کشورها و نیز کنفرانس وزرای امور خارجه یک بار در سال برگزار می شوند.
سازمان کنفرانس اسلامی برای تقویت عملکرد خود و همکاری کشورها، کمیته های مختلف سیاسی، اقتصادی، فرهنگی، اجتماعی و علمی تشکیل داده است که تقریبا بیشتر آنها در سطح وزرای کشورها هستند. تعداد این کمیته ها به 14 می رسد که به مسائل مهمی چون فلسطین، افغانستان و کشمیر می پردازند.
دبیرخانه این سازمان که در جده در عربستان واقع است، تحت منشور سازمان به انجام وظایف خود می پردازد و به نهادهای وابسته به این سازمان کمک می کند. این دبیرخانه همچنین بر اجرای مصوبات نشست های سازمان نظارت دارد. ریاست این بخش بر عهده دبیر کل سازمان کنفرانس اسلامی است که در کنفرانس وزرای امور خارجه کشورهای اسلامی برای مدت چهار سال انتخابات می شود و تنها یک بار می تواند در سمت خود ابقا شود. این مقام بالاترین مقام سازمان است و در کارهای خود از معاون ها و کارشناسان بهره می برد.
بنابر منشور سازمان کنفرانس اسلامی که در سومین نشست وزرای امور خارجه کشورهای عضو تصویب شده است، این سازمان باید وحدت اسلامی را در میان کشورهای عضو و همکاری های سیاسی، اقتصادی، اجتماعی و غیره را در میان آنها تقویت کرده و از مبارزات تمامی مسلمانان برای حفاظت از عزت، استقلال و حقوق ملی خود حمایت کند. بر طبق این منشور سازمان موظف است از مکان های مقدس حفاظت کند، از مبارزه مردم فلسطین حمایت کرده و به آنها در احیا حقوق و آزاد سازی اراضی اشغالی کمک کند. تبعیض نژادی و هر شکلی از استعمار را از بین ببرد و فضایی مساعد برای ارتقا همکاری ها و تفاهم میان کشورهای عضو و سایر کشورها ایجاد کند.
دبیرکل فعلی این سازمان اکمل الدین احسان اوغلو اهل ترکیه است که انتصاب وی به اعتقاد بسیاری حرکت به سوی اصلاحات محسوب می شود. وی بر این باورست که منشور سازمان باید بازتابی از واقعیت فعلی جهان اسلام باشد و به همکاری گفت و گو میان دنیای اسلام و سازمان های منطقه ای و بین المللی تاکید دارد.
اجلاس باکو سی و سومین نشست وزرای خارجه کشورهای عضو سازمان کنفرانس اسلامی در 21-19 ژوئن سال 2006 در شهر باکو پایتخت جمهوری آذربایجان در حالی برگزار شد که به علت برگزاری در چنین سطحی پس از سومین نشست فوق العاده در مکه در دسامبر 2005 از اهمیت زیادی برخوردار بوده است. در این نشست برنامه ده ساله سازمان کنفرانس اسلامی تصویب شده بود که نقطه عطفی در تاریخ این سازمان محسوب می شود.
سی و سومین نشست وزرای خارجه این سازمان در واقع نخستین نشست پس از چاپ کاریکاتورهای توهین آمیز بوده که این موضوع و نیز مساله ترس از اسلام از جمله مهمترین موضوعات اجلاس بوده اند. در سطح سیاسی مسائل مختلفی از جمله مساله فلسطین، عراق، افغانستان، سومالی، سودان و قبرس و نیز مساله هسته ای ایران با آژانس بین المللی انرژی اتمی در این اجلاس مطرح شده اند.