انتقاد شدید مجلس از نحوه بودجه‌ریزی
مرکز پژوهشها سپس از نبود ارتباط میان برنامه‌های توسعه و بودجه‌های سنواتی، بیش برآورد منابع بودجه‌ای با هدف دستیابی به تفاهم با دستگاه‌های اجرایی و مبادله موافقتنامه برای تخصیص اعتبارات به عنوان برخی از مشکلات این عرصه نام برد و افزود: مطالعات انجام شده نشان داده‌اند که فرآیند تهیه، تصویب و اجرای بودجه فاقد جامعیت اطلاعاتی و شفافیت لازم برای هرگونه تصمیم‌گیری درست است و در همین حال از مسئولیت‌های درون مدیریت دولت و نیز در میان قوای سه‌گانه، مرزبندی‌های قطعی و تعریف شده ای وجود ندارد.
در بخش دیگری از بررسی دفتر مطالعات برنامه و بودجه مرکز پژوهشها تصریح شده است: روند عملکرد بودجه در دو دهه اخیر نشان دهنده حاکمیت مصالح بوروکراسی دولتی از یک سو و ناتوانی مدیریت‌های بودجه‌ای در تنزل و تغییر مسیر آن از سوی دیگراست و این مشکلات سبب شده‌اند که فرآیند تهیه برنامه و به خصوص بودجه به مسئله پیچیده و دشواری در مدیریت بخش عمومی تبدیل شود و با وجود تداوم این مشکلات، متاسفانه سازمان مدیریت و برنامه‌ریزی فاقد رویکرد مناسب و نظام‌مند به این ابزارها و با هدف دستیابی به الگوی بودجه‌ریزی مناسب با نیازهای کشور بوده است.
مرکز پژوهشها سپس در قالب توصیه‌های سیاستی کوتاه‌مدت خود پیشنهاد کرد که وظایف سازمان مدیریت و برنامه‌ریزی در زمینه اجرای بودجه به معاونت برنامه‌ریزی استان‌ها واگذار شود و سازمان مدیریت و برنامه‌ریزی استان‌ها همچنان به لحاظ تشکیلاتی زیر نظر سازمان مدیریت و برنامه‌ریزی کشور سایر وظایف خود در زمینه برنامه‌ریزی، تهیه بودجه و نظارت را انجام دهند و از سوی دیگر برخی ابزارهای اداری در زمینه اجرای بودجه مانند اختیارات موضوع ماده 19 قانون برنامه و بودجه مصوب 1351 و ماده 53 قانون محاسبات عمومی مصوب 1366 و امثال این‌ها به مقامات صاحب صلاحیت قانونی تفویض شود تا در فرآیند اجرای بودجه مسئولیت‌های محاسباتی قابل تشخیص و نظارت باشد.
دفتر مطالعات برنامه و بودجه مرکز پژوهشها همچنین در قالب توصیه‌های سیاستی بلندمدت پیشنهاد کرد که با هماهنگی و درخواست دولت، کمیته مطالعاتی خاصی با حضور کارشناسان سازمان مدیریت و برنامه‌ریزی کشور، وزارت امور اقتصادی و دارایی، دیوان محاسبات و مرکز پژوهش‌های مجلس با هدف ساماندهی به نظام مالی و طراحی نظام بودجه‌ریزی متناسب با شرایط حقوقی، اداری و مالی کشور تشکیل شود و ظرف دو سال نقطه‌نظرات کارشناسی خود را پس از تایید دولت به صورت لایحه تدوین و برای تصویب تقدیم مجلس کند.
