آفتابنیوز : 2) مرحله دوم،از اواسط دهه 1990 تا یازدهم سپتامبر سال 2001:
در اواسط دهه 1990 و در پی تحولات مختلف در داخل و نیز خارج روسیه، نظیر بحران اقتصادی روسیه و عدم حمایت جدی غرب از این کشور، منازعات ایجاد شده در آسیای مرکزی و قفقاز و احتمال دست داشتن غرب در این منازعات، بحران چچن، بحران یوگسلاوی، بحران بوسنی، بحران کوزوو و گسترش ناتو به سمت مرزهای مسکو باعث شد روابط روسیه و غرب اندکی تیره تر از گذشته شده و تمایلات آسیایی در صحنه داخلی روسیه تقویت شود. در سال 1996 تحت فشار افکار عمومی، یلتسین با برکنار کردن کوزیروف، پریماکوف را به عنوان وزیر خارجه معرفی کرد. او نماینده تفکر اوراسیا گرایی بود که به عنوان یک گفتمان غالب، سیاست امنیت ملی روسیه را شکل می داد و با نگرش رقابتی تر به محیط امنیتی جهانی بر تعادل شرق و غرب تأکید داشت و برای ایجاد توازن در روابط امنیتی روسیه و جلوگیری از ایجاد یک نظام بین المللی تک قطبی و تحت هژمونی آمریکا، اتحاد استراتژیک با قدرت های شرقی (چین و هند) و همکاری با دولت های متحد سنتی روسیه (عراق، سوریه، لیبی، کوبا و کره شمالی) و نیز دولت های مستقل (ایران و ...) را مطرح می کردند. هدف آن بود که در مقابل اتحاد آتلانتیک به رهبری آمریکا با پیوند نزدیک تر میان روسیه و قدرت های آسیایی، یک موازنه اوراسیایی ایجاد شود. امری که در ملاقات و نشست رهبران کشورهای روسیه، چین و هند مطرح می شد و حتی از فرانسه و دیگر دولت های جهان خواسته می شد به چنین تلاش هایی بپیوندند.
روس ها احساس میکردند وعده های غرب در عمل نه تنها منجر به توسعه روسیه نشده بلکه زمینه تحقیر این کشور مخصوصا طی بحران های متولی بالکان را فراهم کرده است. از این رو، دور جدیدی از غرب ستیزی آغاز شد. لذا انتظار این بود که همکاری های هسته ای روسیه با ایران مجددا افزایش پیدا کند. همکاری های هسته ای ایران و روسیه در این دوره با انتخاب یوگنی آدامف به عنوان وزیر انرژی اتمی در مارس سال 1998 وارد فاز جدیدی شد.
آدامف در سمت سابق خود به عنوان رئیس موسسه پژوهشی و طراحی مهندسی نیروگاه ها (NIKIET) – که یک موسسه هسته ای غیرنظامی می باشد – به ایران در پروژه های هسته ای خود غیر از پروژه نیروگاه هسته ای بوشهر کمک های قابل توجهی کرده بود. آدامف صراحتا و آشکارا از فروش راکتورهای هسته ای و نیروگاه های بیشتر به ایران سخن می گفت و مقامات آمریکایی گمان می کردند وی یکی از حامیان تمام عیار انتقال فناوری چرخه سوخت به ایران به منظور تشویق این کشور برای خرید راکتورهای نیروگاهی بیشتر است. بعد از وزیر شدن آدامف همکاری میان مؤسسات هسته ای روسیه و ایران به صورت بی سابقه ای افزایش یافت. آدامف و برخی مقامات روسیه در توجیه همکاری های هسته ای خود با ایران بر این نکته تأکید می کردند که روسیه از طریق تهدید ایران به قطع همکاری های هسته ای صلح آمیز می تواند ایران را به پذیرش تعهدات خود در چارچوب NPT مجبور کند.
آزمایش موشک شهاب 3 در ایران در سال1998 نگرانی های آمریکا را دو چندان کرد و به نوعی این ادعای گذشته را تایید نمود که از اواسط دهه 1990 روسیه بزرگترین تامین کننده تسلیحات ایران بوده است. دولت کلینتون باز هم در این مورد خویشتنداری نشان می داد و درصدد بود از طریق همکاری با روسیه مانع از انتقال فناوری تسلیحاتی به ایران شود. حتی به همین منظور، کلینتون قانون تحریم های منع گسترش موشکی ایران را که در صد و پنجمین جلسه کنگره با اکثریت قابل توجهی در هر دو مجلس تصویب شده بود وتو کرد. مطابق این قانون آمریکا باید شرکت های روس را تحریم می کرد. استدلال دولت کلینتون در وتو کردن قانون این بود که اقدام مزبور موجب سرکش شدن روسیه می شود و نمی تواند باعث بهبود همکاری های روسیه و آمریکا جهت متوقف کردن انتقال تسلیحات به ایران گردد. با این وجود این سیاست جواب نداد و دولت کلینتون در نهایت هفت شرکت روس که گمان می رفت در اجرای برنامه موشک شهاب 3 با ایران همکاری کرده اند را تحریم کرد. در 12 ژانویه سال 1999 سه شرکت دیگر روس نیز تحریم شدند.
کلینتون در برخورد با همکاری های هسته ای ایران و روسیه از همان روش سه گانه ای استفاده کرد که در مورد همکاری های موشکی ایران و روسیه از آن بهره می گرفت. در اواسط سال 1998 آمریکا درصدد پاسخگویی به همکاری های هسته ای شرکت های روسی و دولت روسیه با ایران برآمد. در وهله اول و در سطح سیاسی رئیس جمهور، معاون رئیس جمهور، وزیر امور خارجه و مشاور امنیت ملی به همتایان روسی خود اطلاع دادند که کمک به ایران فراتر از برنامه نیروگاه اتمی بوشهر می باشد و روابط دو جانبه آمریکا – روسیه را مختل و خدشه دار می کند. در وهله دوم و در سطح وزارت انرژی اتمی روسیه، آمریکا همکاری در زمینه پروژه های مشترک را که خیلی مورد علاقه آدامف بود – نظیر توافق همکاری کامل هسته ای میان روسیه و آمریکا، پژوهش های مشترک در زمینه توسعه راکتورهای نیروگاهی پیشرفته – به منظور پایان دادن به روابط هسته ای روسیه با ایران پیشنهاد کرد. در وهله سوم، ایالات متحده کوشید با تحریم برخی شرکت ها محاسبات اقتصادی موسسات را تحت تاثیر قرار داده و به آنها نشان دهد موسساتی که با ایران همکاری کنند در برنامه همکاری روسیه و آمریکا جهت کاهش تهدیدات مشارکت داده نخواهند شد. این رویکرد کلینتون برخلاف مورد موشک ها موفقیت آمیز نبود و رهبران روسیه در مقابل اعلام کردند تضمین های لازم را می دهند که ایران به سلاح هسته ای دسترسی نخواهد داشت.
به قدرت رسیدن پوتین در ژانویه سال 2000، نتایج دوگانه ای بر همکاری های هسته ای ایران و روسیه داشت. در مقایسه با یلتسین، پوتین بهتر می توانست به تعهدات روسیه عمل کند، ولی او هم به منافع ملی روسیه توجه می کرد. لذا از همان ابتدا اعلام نمود این حق روسیه است که راکتورهای هسته ای را به منظور استفاده صلح آمیز به ایران بفروشد. اما در نوامبر سال 2000 بود که توافق ال گور – چرنومیردین به طور کامل شکست خورد. آن زمانی بود که وزیر امور خارجه روسیه ایگور ایوانف به مادلین آلبرایت همتای آمریکایی خود خبر داد روسیه تعهدات قبلی به آمریکا را حذف کرده و درصدد امضای قراردادهای جدید تسلیحاتی با ایران است. در پی این اظهارات در دسامبر سال 2000 یک هیأت روسی به سرپرستی سرگیف که بعدها وزیر دفاع روسیه شد از ایران دیدن کرد. در این دیدار برخی مسؤولان نظامی و نیز نماینده ارشد شرکت دولتی روسی صادرات تسلیحات و مسایل نظامی نیز سرگیف را همراهی می کردند. این دیدار در حالی صورت می گرفت که روابط روسیه و غرب از بحران کوزوو در بدترین وضعیت قرار داشته و حتی در دکترین نظامی سال 2000، روسیه آشکارا غرب را یکی از تهدیدات علیه امنیت ملی خود تعریف کرده بود. همین طور با قدرت گرفتن پوتین در روسیه نوعی حس ناسیونالیسم دوباره در روسیه اوج گرفته بود. از سوی دیگر با تحولاتی که در انتخابات ریاست جمهوری سال 2000 آمریکا پیش آمده بود و نیز اوج گیری اختلاف در روابط فراآتلانتیکی بر سر دیوان کیفری بین المللی و نیز پیمان کیوتو و برنامه دفاع موشکی ملی، بوش در عمل از سیاست کلینتون در قبال روسیه تبعیت می کرد. این وضعیت تا حادثه یازدهم سپتامبر کم و بیش ادامه داشت.