طراحی کاروانسرا در مقیاس با کاروانسراهای دیگر متفاوت و فضای داخلی بگونه ای دیگر مورد استفاده بوده است. اصطبل های کاروانسرا که در دو طرف آن قرار گرفته است هر کدام دارای دو ورودی است. یکی از ورودی ها به حیاط کاروانسرا و دیگری به هشتی ورودی راه دارد.
در تمام اتاقها فرورفتگی دو لابی شکل تاقچه و شومینههای قدیمی ایجاد شده است. کاروانسرای سنگی انجیره به شدت آسیب دیده است و با توجه به دور افتادن از مسیر جاده اصلی شدیدا در شرف انهدام است. درصد کمی از سقفها در قسمت ورودی برجا مانده است. این بنا در بیابان انجیره در مجاوت راه قدیمی یزد ساغند و طبس، به فاصله تقریبی ۵۰۰ متر از کاروانسرای آجری انجیره قرار گرفته است. تعدادی از کاروانسراها در استان یزد برای ثبت جهانی یزد به یونسکو پیشنهاد داده شده است که کاروانسرای سنگی انجیره یکی از این بناها است.
کاروانسرای سنگی انجیره اگر چه در دوره ایلخانی اقدامات مرمتی روی آن انجام شده است ولی سابقه آن قدیمیتر است و بن مایه کاروانسرا مربوط به دوران قبل از آن است. در سال ۳۸۰ هجری قمری در قرن چهارم در کتاب مسالک الممالک اصطخری از آب خیزه نام میبرد و از حوضچهایی که در آن جا برای کاروانها است و اشاره به اُتراق کاروانها که در آن بنا داشته است.