مرکز رسانه قوه قضائیه با اشاره به ناآرامی های دی ماه ۱۴۰۴ اعلام کرد: مهرداد محمدینیا و اشکان مالکی از جمله افرادی بودند که با برنامهریزی قبلی و با هدف ایجاد آشوب و اغتشاش در خیابان حضور یافتند.
در پی وقوع آتشسوزی در مسجد جعفری و حوزه علمیه، متهمان شناسایی و پس از کشف محل اختفای آنان بازداشت شدند.
پس از صدور کیفرخواست به اتهام «مشارکت در اقدامات عملیاتی برخلاف امنیت کشور برای رژیم صهیونیستی و دولت متخاصم آمریکا و گروههای متخاصم و عوامل وابسته به آنان که منتهی به رعب و وحشت و ناامن کردن جامعه شده و نیز ورود به اماکن مذهبی و مقدس به قصد تخریب و آتشزدن اموال دولتی و خصوصی از جمله مسجد و حوزه علمیه به قصد مقابله با نظام مقدس جمهوری اسلامی ایران»، جلسه دادگاه علنی با حضور متهمان و وکلای آنان برگزار شد.
نماینده دادستان در قرائت بخشی از کیفرخواست که مربوط به اظهارات متهم اشکان مالکی بود، به موضوع حضور یک زن ناشناس در محل آتشزدن مسجد جعفری اشاره کرد و گفت: متهم مالکی مدعی شده است که در شب حادثه، زنی ناشناس مادهای آتشزا در اختیار آنان قرار داده و از آنها خواسته بود مسجد را آتش بزنند.
در نهایت دادگاه با توجه به گزارش مرکز عملیات پلیس اطلاعات تهران، مفاد کیفرخواست، اقرارها و اعترافات صریح متهمان، مستندات موجود درباره آتشسوزی مسجد جعفری و حوزه علمیه امام هادی (ع)، صورتجلسه مواجهه حضوری خادم حوزه علمیه بهعنوان شاهد عینی، شناسایی متهمان از سوی شاهد، صورتجلسات بازسازی صحنه جرم و سایر قرائن و مستندات، با استناد به ماده یک قانون تشدید مجازات جاسوسی و همکاری با رژیم صهیونیستی و کشورهای متخاصم علیه امنیت و منافع ملی و سایر مقررات قانونی، اشکان مالکی و مهرداد محمدینیا را به اتهام مشارکت در اقدامات عملیاتی برخلاف امنیت کشور برای رژیم صهیونیستی و دولت متخاصم آمریکا و گروههای متخاصم و عوامل وابسته به آنها که منتهی به رعب و وحشت و ناامن کردن جامعه شده و ورود به اماکن مذهبی و مقدس به قصد تخریب و آتشزدن اموال دولتی و خصوصی از جمله مسجد و حوزه علمیه به قصد مقابله با نظام مقدس جمهوری اسلامی ایران در زمان جنگ و وضعیتهای امنیتی، به مجازات اعدام و مصادره اموال محکوم کرد.
پس از صدور حکم، وکلای متهمان در دیوان عالی کشور فرجامخواهی کردند، اما قضات دیوان نیز با توجه به مستندات و مدارک موجود در پرونده، حکم صادره را تأیید و ابرام کردند.
حکم اعدام مهرداد محمدینیا فرزند محرم و اشکان مالکی فرزند علی صبح دوشنبه ۱۱ خرداد ۱۴۰۵، اجرا شد.