حجم مسایل غیر شفاف مالی در مدت ریاست جدید دانشگاه آزاد به حدی است که بازرسی ویژه رئیس جمهور در 12 مردادماه سال جاری یعنی تنها یک چند روز مانده به آغاز کار دولت یازدهم، طی نامهای آنی خواستار شفاف سازی ریاست این دانشگاه در 24 مورد خواستار پاسخگویی سریع این دانشگاه شده است که از این جمله می توان به «لیست و موجودی حسابهای سپرده و جاری دانشگاه در بانکها»، «علت جابجایی حسابهای بانکی»، «عدم تعهد به قرارداد بانک ملی »، «استفاده از پرسنل واحد علوم تحقیقات برای تبلیغات شورای شهر آقای خسرو دانشجو » و «علت حمایت و پرداخت مالی به تشکلها برای هزینه کرد در تلبیغات یک نامزد خاص ریاست جمهوری» اشاره کرد.
آفتابنیوز : آفتاب: در کنار این مباحث انتصابات فامیلی و ایجاد مناصبی صرفا برای به کار گیری اقوام و خویشاوندان در یک سمت ریاستی از جمله شاهکارهای آقای دانشجو است. که از جمله سمت های ایجاد شده در این مدت می توان به «معاون اجرایی اداری مدیرکل سازمان چاپ و انتشارات دانشگاه آزاد!»، «رئیس اداره نظارت و بازرسی معاونت اداری و مالی!» که برای پسر و داماد معاون اداری مالی فعلی دانشگاه آزاد یعنی آقایان مسافرچی و حسینپور، اشاره کرد که جالب این است که در بررسیهای بازرسی ریاست جمهوری به این مساله نیز اشاره شده است و ضمندرخواست رزومه کاری و سوابق معاون اداری مالی این دانشگاه سوابق اجرای و مدیریتی برادران مسافرچی و حسین پور نیز از آقای دانشجو درخواست شده است.
از دیگر نکاتی که در انتصاب های فامیلی از همان ابتدا با انتقاد بسیاری مواجه شد، حکمی است که فرهاد دانشجو برای برادر خود یعنی خسرو دانشجو سخنگوی دوره سوم شورای شهر تهران صادر کرده است. در گزارش دفتر ریاست جمهوری به صراحت از این اقدام بازخواست شده و آمده است: «علت انتصاب آقای دانشجو به عنوان رئیس واحد علوم و تحقیقات تهران با توجه به اینکه ایشان مشغله کاری زیادی دارند و طبق آییننامه فاقد شرایط لازم برای این پست میباشد»
از دیگر موارد تخلفی که در این گزارش به ان اشاره شده است، میلیاردها تومان پولی است که از فروش بخشی از بیمارستان بوعلی به شهرداری دریافت شده است و این مبالغ همانگونه که در اسناد هم موجود است ابتدا به حساب آقای «میم» از اقوام مدیران ارشد واریز شده است.
به گزارش اعتدال، این اقدامات در حالی است که رئیس دانشگاه در مصاحبه هایی، تخلفات را آنقدر جدی نداسته است که باعث عز ل وی در روز آینده شود.