او در خاطراتش نوشته است: «به خصوص در مورد حاج آقا مصطفی که فرزند اول امام و از فضائل اخلاقی و علمی برجستهای برخوردار بود و طبعاً در حد بالائی مورد علاقه و محبت امام قرار داشت. نمونه این تعلق خاطر در جملاتی که حضرت امام در زمان ارتحال حاج آقا مصطفی در پشت یکی از کتابهایشان با دستخط خود نوشتهاند به خوبی آشکار است. مرحوم حاج احمد آقا اثر مزبور را که در کنار یک رباعی نیز از سید محمد حلّی درباره حاجآقا مصطفی با خط نسخ امام نوشته شده است در اختیار حقیر قرار داد و از آن تصویربرداری کردم.»
متن دستنوشته امام خمینی به این شرح است:
بسمه تعالى
انّا للَّه و انّا الیه راجعون
در روز یکشنبه نهم شهر ذى القعدة الحرام 1397 مصطفى خمینى، نور بصرم و مُهجَة قلبم دار فانى را وداع کرد و به جوار رحمت حق تعالى رهسپار شد.
«اللهم ارحمه و اغفر له و أسکنه الجنة بحق اولیائک الطاهرین- علیهم الصلوة و السلام».