برمبنای کیفرخواست، او در جریان تلاطمات بازار ارز که از سال ۹۶ آغاز شد؛ طی همکاری با بانک مرکزی، ارز را در بازار فردایی به فروش میرساند تا از این طریق بانک مرکزی بتواند نرخ ارز را تحت کنترل درآورد. البته سابقه همکاری آقاخانی با بانک مرکزی به سال ۹۴ بازمیگردد. آقاخانی همچنین در سال ۹۵ طی نامهای رسمی از سوی صرافی بانک انصار به عنوان نماینده این صرافی به بانک مرکزی معرفی میشود.
به این ترتیب، در سال ۹۶ که بازار ارز رو به آشفتگی میرفت، آقاخانی به عنوان یک مهره مهم در بانک مرکزی وظیفه فروش ارز فردایی و کمک به مدیریت بازار را بر عهده گرفت. شرایط بازار ارز در نیمه دوم سال ۹۶ حساس بود و در مقطعی که با دیماه و شرایط خاص آن زمان مصادف شده بود، بانک مرکزی تصمیم گرفت در بازار فردایی حضور داشته باشد تا قیمتها کنترل شود.
اما این تزریق ارز نباید در لباس بانک مرکزی اتفاق میافتاد از اینرو با آقاخانی صحبت شد که بدون آنکه کارمزدی دریافت کند؛ ارز مورد نظر را در بازار به فروش برساند و ریال آن را به بانک مرکزی بازگرداند. او با قید اینکه مبلغی را باید برای تأمین ماشین مخصوص حمل پول و گرفتن چند محافظ دریافت کند، انجام این کار را پذیرفت و بنا شد به ازای هر دلار، دو تومان بابت هزینهها به او پرداخت شود. البته بر اساس آنچه در کیفرخواست قرائت شد، مجموع این وجوه نیز در نهایت به بانک مرکزی بازگردانده شده است.
بانک مرکزی پس از این توافق فرایند تأیید صلاحیت آقاخانی را با وزارت اطلاعات آغاز کرد و پس از اخذ تأییدیه کار آغاز شد. در مجموع از آذر ۹۶ تا اسفند آن سال طی ۱۶ روز ۲۸ مرحله ارز در بازار فردایی عرضه شد و رصد قیمتها نشان میدهد نرخها در محدوده چهار هزار تومان کنترل شد. اما در این بازار، دلالان زیادی نیز فعالیت داشتند که بر تلاطمات نرخ ارز دامن میزدند؛ بنابراین پلیس آگاهی تصمیم به ورود به بازار و دستگیری دلالان میگیرد.
۲۰ اسفند آن سال پلیس آگاهی سالار آقاخانی را در محل کارش دستگیر میکند، اما پس از آنکه بانک مرکزی و وزارت اطلاعات طی نامهای رسمی اعلام میکنند آقاخانی کارگزار بانک بوده، آزاد میشود. البته برای آزادی او وثیقهای پنج میلیاردتومانی در نظر گرفته میشود و با گرفتن وثیقه در تاریخ ۲۷ اسفندماه آزاد میشود. پس از آن کلا مداخله بانک مرکزی در بازار فردایی متوقف میشود و آقاخانی نیز پس از آزادی در اسفند ۹۶، طبق روال همکاری چندساله خود با بانک مرکزی، به فعالیت در زمینه اقدامات بینالمللی برای بانک مرکزی ادامه میدهد، اما او بار دیگر در مرداد ۹۷ به همان اتهامی که اسفندماه ۹۶ به او وارد شده بود، بازداشت میشود.
آقاخانی بار دوم حدود هشت ماه در بازداشت میماند و نهایتا در اسفند ۹۷ با قید وثیقه ۱۵ میلیاردتومانی آزاد میشود. او هشت ماه در اختیار قوه قضائیه بوده و زمانی که آزاد شده، ممنوعالخروج نبود و بر اساس اظهارات منابع مطلع، او به صورت رسمی در ۲۰ اسفند ۱۳۹۷ از طریق فرودگاه امامخمینی به عراق رفته است.
نکتهای که منابع مطلع بر آن تأکید دارند، آن است که او در این پرونده خلافی مرتکب نشده و فقط به عنوان عامل بانک مرکزی تحت نظارت وزارت اطلاعات وظایفی که برعهدهاش گذاشته شده را انجام داده است. استدلال آنها نیز کیفرخواستی است که قرائت شده است چراکه در کیفرخواست هیچ اتهامی درخصوص گمشدن مبالغ پول و یا بازگرداندهنشدن مبالغ به بانک مرکزی ذکر نشده است. ظاهرا عبدالناصر همتی، رئیس کل بانک مرکزی، نیز در مکاتبات رسمی، اقدامات سالار آقاخانی را تأیید کرده است.