سران باشگاه بایرنمونیخ در نظر داشتند تا برای تقویت خط حمله خود، مهاجم ۲۳ تیم ملی آلمان را جذب کرده و حتی با وی به توافقات اولیه رسیدند.
پس از اینکه «رابرت لواندوفسکی» مهاجم باتجربه بایرنمونیخ در دیدارهای ابتدایی فصل عملکرد خوبی داشت و «فیلیپ کوتینیو» برزیلی نیز به مونیخ آمد، مذاکرات با ورنر متوقف شد.
در همین راستا، ورنر برای رهایی از حواشی به وجود آمده، قرارداد خود را با باشگاه لایپزیگ تا سال ۲۰۲۳ میلادی تمدید کرد.
نام ورنر از سه فصل قبل و در حالیکه تنها ۲۰ سال داشت با درخشش در تیم لایپزیگ بر سر زبانها افتاد و سپس وی به یکی از مهرههای ثابت تیم ملی فوتبال آلمان تبدیل شد.