متن پیام رهبر انقلاب اسلامی به این شرح است:
بسم الله الرحمن الرحیم
رحلت عالم جلیل مرحوم آیتالله آقای حاج سیدمهدی خلخالی رضواناللهعلیه را به بیت محترم و همه ارادتمندان و شاگردان ایشان در تهران و مشهد تسلیت عرض میکنم. ایشان فقیهی عالیقدر و مدرّسی بزرگ بودند و خدمات دینی و علمی با ارزشی به حوزههای علمیه و به محیط دینی کشور ارائه کردند. نوشتهئی متین در باب حکومت اسلامی مانند دیگر نوشتجات فقهی و اصولی از یادگارهای برجسته ایشان است. از خداوند متعال رحمت و مغفرت و علوّ درجات ایشان را مسألت میکنم.
سیّدعلی خامنهای
آیت الله سید محمد مهدی خلخالی شامگاه شنبه ۳۰ آذر در ۹۵ سالگی در مشهد مقدس چشم از جهان فرو بست.
وی از استادان فقه و اصول حوزه علمیه و از شاگردان آیت الله خویی بود و مباحث اصولی و فقهی وی را به رشته تحریر درآورده است. مرحوم خلخالی همچنین کتاب های مختلفی از جمله فقه الشیعه و حاکمیت در اسلام را تالیف کرده است.