محمد تقی خان در ۱۱۸۸ قمری این مدرسه را وقف عام نمود و چون مدرسه بزرگ آن ناتمام ماند به وسیله فرزندش علی نقی خان حاکم یزد تکمیل شد.
در تاریخ یزد آمده است که این مدرسه از رونق چشمکیری برخوردار بوده است و همواره علمای اهل ولایت در این مدرسه تدریس کرده اند. حجرات این مدرسه همچنین محل مشاعره شاعران نامی یزد مانند طراز و قضایی یزدی بوده است. درب این بنا بعد از گذشت نزدیک به نیم قرن امسال برای عموم، مسافران و گردشکران نوروزی باز شد.