آملیلاریجانی که بعد از رد صلاحیت برادرش برای انتخابات ریاستجمهوری بهشدت به عملکرد شورای نگهبان نقد وارد کرده بود، در نهایت تصمیم گرفت از شورای نگهبان استعفا دهد.
در همان زمان آیتالله صادق آملیلاریجانی در رشتهتوییتی در اعتراض به تصمیم شورای نگهبان در انتخابات ۱۴۰۰ نوشته بود: «از اولین حضور اینجانب در شورای نگهبان در سال ۱۳۸۰، قریب به 20 سال میگذرد. در تمام این مدت، از شورای نگهبان دفاع کردهام، حتی در سالهایی که در قوه قضائیه بودم، اما هیچگاه تصمیمات شورا را تا این حد غیر قابل دفاع نیافتهام؛ چه در تأیید صلاحیتها و چه در عدم احراز صلاحیتها. سبب این نابسامانیها تا حد زیادی، دخالتهای فزاینده دستگاههای امنیتی از طریق گزارشهای خلاف واقع، در تصمیمسازی برای شورای نگهبان است؛ به ویژه اگر عضو مسئولی که باید گزارشهای محققانه به شورا ارائه کند خود، عامدانه چیزی بر آن بیفزاید! چنانکه از وزارت اطلاعات با قاطعیت تمام مطلبی نقل میکنند، حال آنکه با پرسش از معاونت مربوطه در وزارت اطلاعات به صراحت این مطلب تکذیب میشود. گلایه بنده از سر دغدغهای است برای حفظ شأن و اعتبار شورای نگهبان. این فقیر وقتی با چنین وضعیتی مواجه شدم و استدلالهایم را بیتأثیر یافتم، این کلام حق متعال را بر همکاران عزیزم در شورا تلاوت کردم: «یا ایها الذین آمنوا اتقوا الله و لتنظر نفس ما قدمت لغد و اتقوا الله ان الله خبیر بما تعملون». در میانه این زمانه غریب و رفتارهای عجیب به خدا پناه میبریم و به محضر او عرضه میداریم: اعوذ بک مما استعاذ منه عبادک المخلصون».
واکنشهای بسیاری به رد صلاحیت لاریجانی با این رشتهتوییت آغاز شد و در نهایت که مقام معظم رهبری چند روز پیش از انتخابات ریاستجمهوری در سخنانی مطرح کردند: «حفظ آبرو جزء بالاترین حقوق انسانها است؛ بنابراین خواهش و مطالبه من از دستگاههای مسئول این است که مواردی را که گزارش خلاف واقع راجع به فرزند یا خانواده کسی داده شده، جبران کنند».
متعاقب این سخنان علی لاریجانی در نامهای به مقام معظم رهبری نوشت: «بیانات حکیمانه حضرت عالی در سالگرد رحلت پیشوای بزرگ انقلاب اسلامی امام خمینی (قدس سره) برای آینده کشور، بار دیگر پایههای استوار و عقلانی نظام جمهوری اسلامی را ظهور بخشید. تذکر و مطالبه جنابعالی نیز در رفع ظلم و جفایی که در بررسی صلاحیت کاندیداهای ریاستجمهوری رخ داد، بزرگی و بزرگواری و روحیه حقطلبی آن حضرت را بیش از پیش عیان نمود».
اما دلخوری او از عملکرد شورای نگهبان تا جایی پیش رفت که اعتبارنامه ابراهیم رئیسی را امضا نکرد. امری که سخنگوی شورای نگهبان آن را عادی جلوه داد. او حتی در مراسم تحلیف هم غایب بود البته در مراسم تنفیذ حضور داشت اما برادرش غایب هر دو مراسم بود. با توجه به واکنشها به اختلافها بر سر امضانکردن حکم رئیسی، طحان نظیف، سخنگوی شورای نگهبان، ضمن تأیید عدم امضای اعتبارنامه ابراهیم رئیسی از سوی صادق آملیلاریجانی گفت: «براساس قانون خدشهای در اعتبارنامه پیش نخواهد آمد. اعتبارنامه در آخرین جلسه شورای نگهبان پیش از مراسم تنفیذ امضا شد و طبیعتا اعضای حاضر آن را امضا کردند».
سخنگوی شورای نگهبان همچنین گفت که دلیل «عدم احراز صلاحیت» علی لاریجانی به او اعلام شده است. این سخنان با واکنش رئیس سه دوره مجلس ایران روبهرو شد که در نامهای از شورای نگهبان خواست «مرحمت» کند و «مهر محرمانه» را از این نامه بردارد. طحان نظیف در سخنانش گفته است: «آنچه در بررسی صلاحیت افراد وجود داشته است، در اختیار آنان قرار میدهیم. اینکه مبنای عدم احراز چه بوده است، به دلیل مخفیبودن آرا معلوم نیست».
اما در واکنش به مهر محرمانه، علی لاریجانی در نامه خود به شورای نگهبان نوشت: «متأسفانه نامهای که اخیرا برای اینجانب ارسال فرمودید با مهر محرمانه است که از طریق اینجانب به دلیل محرمانگی قانونا قابل انتشار نیست؛ مرحمت فرمایید مهر محرمانه نامه را حذف نمایید تا بتوانم نامه شورا را برای اطلاع عموم علنی نمایم».
رئیس پیشین مجلس از زمان جلوگیری شورای نگهبان از حضورش در عرصه رقابت انتخاباتی تاکنون چند نامه اعتراضآمیز به این شورا ارسال کرده است. او بر اعلام علنی دلیل تصمیم شورای نگهبان اصرار میورزد. علی لاریجانی همچنین این نامهها را با عنوان «بنده خدا؛ علی لاریجانی» امضا میکند. با توجه به منتشرنشدن متن استعفای آملیلاریجانی شاید یکی از دلایل اتخاذ این تصمیم رد صلاحیت علی لاریجانی در انتخابات ریاستجمهوری و ناراحتی او از عملکرد شورای نگهبان باشد.
با این اوصاف، بار دیگر نقش برادران لاریجانی در آسمان سیاسی کشور کم رنگتر خواهد شد و گویی ستاره بخت آنها رو به افول است.