باغ پرندگان مشهد در سال ۱۳۹۸ نیز خبرساز شده بود؛ حدود ۳ سال قبل ۷۵ بال از پرندگان مختلف از جمله اردک نوک پهن، اردک بلوطی، خوتکا، چنگر، فلامینگو، قرقاول و ... , از شمال کشور به صورت غیرمجاز و بدون مجوز سازمان محیط زیست به این باغ پرندگان قاچاق شده بودند. این پرندگان در همان سال توسط سازمان محیط زیست توقیف شدند و به زیستگاههای خود بازگشتند.
با وجود اینکه باغ پرندگان مشهد در سال ۱۳۹۸ محکوم و برای پیگیری مجوز آن پرونده قضائی تشکیل شده بود,، اما این باغ پرندگان که در میان دوستداران حیات وحش به اسارتگاه پرندگان معروف است، همچنان به فعالیت خود ادامه میدهد.
در کشور بیش از ۳۰ باغ پرندگان وجود دارد که تعدادی از آنها فاقد مجوز هستند و با توجه به وضعیت خطرناک نگهداری پرندگان در آنها نیاز است که نظارت بر این اماکن با دقت بیشتری انجام شود.