رهبر انقلاب اسلامی شامگاه سوم فروردین، با حضور در کنار پیکر مرحوم حجتالاسلاموالمسلمین ریشهری، بر پیکر این عالم ربانی نماز اقامه کرده و سپس در جمع اعضای خانواده و برخی نزدیکان این مرحوم، طی سخنان کوتاهی، سوابق وزارت و قضاوت و خدمات وی در طول دوران انقلاب را منشأ خیر برای نظام دانستند.
حضرت آیتالله خامنهای همچنین به روایت اولین دیدار خود با ریشهری و همچنین جلسات کاری از جمله در دوران وزارت اطلاعات اشاره کرده و فرمودند: «من واقعاً از مجالست و مصاحبه با ایشان محظوظ می شدم و لذّت می بردم؛ چرا که ایشان در راه و در کار و علاقهمند و معنوی بودند».
رهبر انقلاب اسلامی در پیام تسلیت به مناسبت درگذشت حجتالاسلاموالمسلمین ریشهری نیز با اشاره به تقوا و سلامت نفس و مجاهدت مستمر این روحانی انقلابی، و همچنین تنوع عرصههای مجاهدت این عالم ربانی کمنظیر، فقدان وی را ضایعهای تلخ و اندوهبار توصیف کرده بودند.
مرحوم حجتالاسلاموالمسلمین ریشهری، دوم فروردین ۱۴۰۱، در یکی از بیمارستانهای تهران به لقاءالله پیوست.
وی در طول حیات با برکت خود، در کنار اشتغالات علمی و معرفتی و خدمات برجسته به حوزههای علمیه، از ابتدای انقلاب اسلامی نیز در مناصب مهمی چون «حاکم شرع در دادگاههای انقلاب»، «دادستان کل کشور»، «نخستین وزیر اطلاعات»، «نماینده مجلس خبرگان رهبری»، «عضویت در مجمع تشخیص مصلحت نظام» و «تولیت آستان مقدس حضرت عبدالعظیم حسنی علیهالسلام» در خدمت انقلاب اسلامی و نظام جمهوری اسلامی ایران بود.