کریم باقری در دوران ریاست شهاب الدین عزیزی خادم در فدراسیون فوتبال، به عنوان یکی از مربیان جدید به کادر فنی تیم ملی اضافه شد و همراه با این تیم و سرمربیگری دراگان اسکوچیچ، این تیم را به جام جهانی ۲۰۲۲ قطر رساند.
باقری البته در مقطعی به خاطر مشکل کار همزمان در باشگاه پرسپولیس و تیم ملی، به همکاری خود در تیم ملی پایان داد، اما چندی پیش دوباره جلسهای با او برای بازگشت به تیم ملی انجام شد.
البته این جلسه در زمان سرپرستی میرشاد ماجدی برگزار شد و با حضور مهدی تاج به عنوان رئیس جدید فدراسیون، هنوز مشخص نیست که آیا باقری به تیم ملی بر میگردد یا نه.
حمید استیلی سرپرست تیم ملی در این خصوص گفت: قبل از انتخابات فدراسیون، کریم جلسهای با ما و ماجدی داشت و صحبتهایی انجام شد. قرار شد به ما اضافه بشود. الان نمیدانم با تغییرات فدراسیون چه میشود.