رهبر انقلاب اسلامی ۲۹ شهریور ۱۴۰۱ در حکمی اعضای دوره نهم مجمع تشخیص مصلحت نظام را منصوب کردند. بر اساس این حکم، آیتالله صادق آملیلاریجانی همچنان رئیس مجمع خواهد بود و نامی از حسن روحانی رئیس دولتهای یازدهم و دوازدهم که در دوره هشتم به عنوان رئیس قوه مجریه و عضو حقوقی در مجمع حضور داشت در میان اعضای دوره نهم دیده نمیشود.
در حکم رهبر انقلاب، شیخ صادق آملیلاریجانی که در میانه دوره هشتم و پس از درگذشت آیتالله سید محمود هاشمیشاهرودی به ریاست مجمع منضوب شده بود همچنان ریاست این نهاد را بر عهده دارد.
علاوه بر این طبق قانون، اعضای حقوقی شامل روسای قوا میشود که سید ابراهیم رئیسی رئیس قوه مجریه، محمدباقر قالیباف رئیس قوه مقننه و غلامحسین محسنیاژهای رئیس قوه قضاییه، فقهای شورای نگهبان (در موارد بحث تشخیص مصلحت)، رئیس ستادکل نیروهای مسلّح (سردار محمد باقری)، دبیر شورای عالی امنیت ملی (علی شمخانی)، وزیر یا رئیس دستگاهی که موضوع مورد بحث به آن دستگاه مربوط است و رئیس کمیسیون مرتبط با موضوع بحث در مجلس شورای اسلامی، در مجمع نهم حاضر خواهند بود.
در حکم اولیه دوره قبلی مجمع که ۲۳ مرداد ۱۳۹۶ از سوی رهبر انقلاب صادر شد، حسن روحانی به عنوان رئیس قوه مجریه، علی لاریجانی به عنوان رئیس قوه مقننه و صادق آملیلاریجانی به عنوان رئیس قوه قضاییه حاضر بودند که با تغییرات در راس سه قوه پس از انتخابات مجلس در سال ۱۳۹۸ لاریجانی جای خود را به قالیباف داد، بعد از انتخابات ۱۴۰۰، رئیسی به جای روحانی نشست.
از طرفی مجمع تشخیص مصلحت نظام از تعدادی اعضای حقیقی هم تشکیل میشود. از میان روحانیون حاضر در مجمع دوره قبل حسن صانعی، قربانعلی درینجفآبادی، محمود محمدیعراقی، مجید انصاری و غلامرضا مصباحیمقدم حضورشان تجدید شده و محسن اراکی به جمع مجمع اضافه شده است. همچنین سیّد محمود هاشمیشاهرودی و ابراهیم امینی نجفآبادی از دنیا رفتهاند و رئیسی و محسنیاژهای از عضویت حقیقی به عضویت حقوقی رسیدهاند.
اما از روحانیون دوره هشتم، حکم محمدعلی موحدیکرمانی، علیاکبر ناطقنوری و محسن مجتهد شبستری برای دوره نهم تمدید نشده است.
از میان مکلاها به جز سید حسن فیروزآبادی و سید محمد میرمحمدی که در این مدت پنج ساله از دنیا رفتند، غلامرضا آقازاده، علی آقامحمدی، محمود احمدینژاد، محمدجواد ایروانی، محمدرضا باهنر، احمد توکلی، سعید جلیلی، غلامعلی حدادعادل، داود دانشجعفری، پرویز داودی، محمدباقر ذوالقدر، محسن رضایی، سید محمد صدر، محمدحسین صفارهرندی، محمدرضا عارف، محمد فروزنده، حسین محمدی، حسین مظفر، سید مصطفی میرسلیم، سید مرتضی نبوی، علیاکبر ولایتی، صادق واعظزاده و احمد وحیدی، از اعضای دوره هشتم هستند که در دوره نهم هم حضور خواهند داشت.
ضمن اینکه عباسعلی کدخدایی، محمد مخبر، علیاکبر احمدیان و سید کمال خرازی که در دوره قبل حضور نداشتند برای دوره نهم حکم گرفتهاند.
در این میان علی لاریجانی که مدتی پس از پایان ریاستش در مجلس دهم، جایگاه حقوقی خود را در مجمع هشتم ترک کرده بود در ۸ خرداد ۱۳۹۹ به عنوان عضو حقیقی به مجمع اضافه شد و برای دوره نهم هم حکمش تجدید شده است. همچنین پس از انتقال محسن رضایی به دولت سیزدهم به عنوان معاون اقتصادی و خالی شدن صندلی دبیری مجمع، محمدباقر ذوالقدر در ۲۸ شهریور ۱۴۰۰ به عنوان دبیر جدید مجمع هشتم منصوب شد و در مجمع نهم هم همین سمت را خواهد داشت.
با این حساب حسن روحانی، محمدعلی موحدیکرمانی، علیاکبر ناطقنوری که در مجمع هشتم حاضر بودند در مجمع نهم نیستند و با درگذشت سیّد محمود هاشمیشاهرودی، ابراهیم امینی نجفآبادی، سید حسن فیروزآبادی و سید محمد میرمحمدی، و محسن مجتهد شبستری، ۸ نفر از اعضای ابتدایی مجمع دوره قبل در مجمع نهم حضور ندارند و ۵ نفر یعنی محسن اراکی، عباسعلی کدخدایی، محمد مخبر، علیاکبر احمدیان و سید کمال خرازی به جمع اعضای مجمع در دوره نهم اضافه شدهاند.