متن پیام حجت الاسلام و المسلمین سید محمد خاتمی بدین شرح است:
به نام خدا
دانشمند بزرگوار و پژوهشگر ژرفاندیش که دل در گرو ایران و عظمت آن داشت جناب دکتر سید جواد طباطبایی چشم از جهان فرو بست و همه دوستداران خود را عزادار کرد.
من این مصیبت را به اصحاب فضیلت و به شاگردان و یاران او بخصوص به بستگان و خاندان محترمشان تسلیت میگویم و شادی روان ایشان و تندرستی و شکیبایی و پاداش نیکو برای بازماندگان معززشان را از خداوند منان طلب میکنم.
سید محمد خاتمی
۱۴۰۱/۱۲/۱۰