امیر قلعهنویی برای دومین بار به عنوان سرمربی تیم ملی فوتبال ایران انتخاب شد. پیشتر امیر قلعهنویی، حسین فرکی، مهدی تارتار، فرهاد مجیدی و جواد نکونام به عنوان پنج گزینه داخلی نهایی فدراسیون فوتبال برای هدایت تیمملی معرفی شده بودند که از این بین، قلعهنویی به عنوان یکی از اصلیترین گزینههای قبول این سمت، پیش از سایرین از این رقابت انصراف داد. او در استوری اینستاگرام این موضوع را اعلام کرده بود.
شروع
قلعهنویی مربیگری خود را از کشاورز و برق تهران در اوایل دهه ۸۰ آغاز کرد و با حضور در استقلال بود که توانست خود را به عنوان یک مربی قهرمان مطرح کند. "برنامه سه ساله" یکی از همان کلیدواژه هایی بود که امیرقلعه نویی وارد فوتبال ایران کرد و توانست بعد از ۳ سال حضور در استقلال این تیم را به قهرمانی در لیگ برتر برساند.
برکناری بدون باخت در دیدارهای رسمی!
او بعد از این موفقیت با استقلال و از طرفی نتایج ناامیدکننده تیم ملی در جام جهانی ۲۰۰۶ به عنوان سرمربی ایران انتخاب شد تا در جام ملتهای آسیا روی نیمکت ایران بنشیند. قلعه نویی در تیم ملی ایران در ۱۷ بازی به ۱۰ برد، ۶ مساوی و یک باخت رسید. تیم او تنها یک شکست مقابل مکزیک با نتیجه ۴-۰ را تجربه کرد.
این اولین شکست امیرقلعه نویی به عنوان سرمربی تیم ملی فوتبال ایران بود. او دراین دیدار سعی کرد بازیکنان لیگ برتر و لژیونرهای شاغل در لیگ امارات را محک بزند.
او در جام ملتهای آسیا توانست با ایران به دور حذفی برسد و برابر کره جنوبی در ضربات پنالتی شکست خورد. تعویض دقایق پایانی وحید طالب لو به جای حسن رودباریان آخرین تاکتیکی بود که قلعه نویی در آن دیدار استفاده کرد ولی بدشانس بود که بازیکنانی چون رسول خطیبی و مهدی مهدوی کیا که معمولا پنالتی زن هستند در آن دیدار پنالتی های خود را از دست دادند و با وجود اینکه طالب لو یکی از پنالتی ها را گرفت، ایران شکست خورد و حذف شد.
قهرمان سریالی
قلعهنویی پس از جدایی از تیم ملی روی نیمکت مس کرمان نشست و سپس در بازگشت به استقلال بار دیگر این تیم را به قهرمانی رساند. تیم فوتبال استقلال تهران با قهرمانی در هشتمین دوره لیگ برتر موفق شد برای بار دوم قهرمان ایران شود و جشن قهرمانی را در شهر مشهد برپا کند.
تمجید قلعه نویی از مجید جلالی بعد از مسجل شدن قهرمانی استقلال در این سال نیز یکی از خاطره انگیز ترین جملات این مربی در فوتبال ایران شد. او بعد از قهرمانی استقلال عنوان کرد: "مجید جلالی خیلی مرد است."
این مربی سپس به سپاهان اصفهان رفت و دو قهرمانی پیاپی را با سپاهان به دست آورد تا برای سه فصل پیاپی حرف اول را در فوتبال ایران تیمهای امیر قلعه نویی زده باشند. در دومین سال او با سپاهان شاهد رکوردشکنیهای این مربی هم بودیم.
سپاهان در دوره دهم لیگ برتر عنوان نخستین تیم را به دست آورد که توانسته از عنوان قهرمانیاش دفاع کند. امیر قلعه نویی در دورهی نهم لیگ برتر هم توانسته بود تیمش را به مقام قهرمانی برساند. امیر قلعه نویی هم با ثبت این موفقیت، چهارمین قهرمانیاش را در لیگ برتر تجربه کرد.
سپاهان در حالی قهرمان دوره دهم لیگ برتر شد که فصل را بسیار بد آغاز کرده بود و امتیازهای زیادی را در هفتههای آغازین از دست داده بود.
قهرمانی دوباره با استقلال و حضور در نیمه نهایی آسیا
سپس پس از یک فصل حضور در تراکتور دوباره سرمربی استقلال شد و این تیم را ضمن قهرمانی در ایران به نیمه نهایی لیگ قهرمانان آسیا رساند. قلعه نویی در استقلال جانشین پرویز مظلومی شد.
استقلال در نیم فصل لیگ دوازدهم با ۳۱ امتیاز و به خاطر تفاضل گل کمتر نسبت به سپاهان در جای دوم ایستاد اما در نیم فصل دوم با کسب ۳۶ امتیاز موفق شد با کسب ۶۷ امتیاز موفق به کسب عنوان قهرمانی شود.
استقلال در نیم فصل با کنار گذاشتن توسی، جانواریو، لیام ردی، میداوودی، منوچهری و محمد انصاری و جذب اشجاری، چهارمحالی، فرزاد حاتمی، موسوی، محمدرضایی، آرزه و مجیدی چهره ای نو به خود داد و همین تغییرات در نوع نتیجه گیری استقلال در نیم فصل دوم تاثیری بسزا داشت.
سالهای بدون جام
بعد از این همه قهرمانی یعنی ۵ قهرمانی در لیگ و دو قهرمانی در جام حذفی، سالهای زیادی از آخرین قهرمانی امیر قلعه نویی سپری می شود. این مربی بعد از پایان کارش در استقلال در تیم های تراکتور، ذوب آهن، سپاهان و گل گهر نیز حضور داشت ولی نتوانست عنوان قهرمانی را به دست بیاورد.
رکورد ویژه
امیر قلعه نویی به اولین سرمربی تاریخ فوتبال ایران تبدیل شد که از مرز ۱۰۰۰ امتیاز به دست آمده گذشت.
مرد داربیها
امیر قلعه نویی در نخستین فصل مربیگری خود در استقلال موفق شد به اولین پیروزی خود در داربی تهران دست یابد. سالها طول کشید تا بالاخره قلعه نویی در داربی تهران بازنده باشد و به همین خاطر به مربی داربی ها معروف شده بود. او یازده سال برابر سرخپوشان شکست ناپذیر بود تا اینکه سرانجام در داربی ۲ آذر ۹۳ پرسپولیس با گل های محمد نوری و امید عالیشاه برابر تک گل سجاد شهباززاده موفق به شکست استقلال شد تا بالاخره نوار شکست ناپذیری پرافتخارترین سرمربی لیگ برتر برابر سرخپوشان پاره شود.