روزنامه شرق در روزهای پایانی سال۱۴۰۱ خاطرات آیت الله هاشمی رفسنجانی در سال۱۳۷۹ را برای اولین بار منتشر کرد. خاطرات آیت الله هاشمی در ۲۷ سال گذشته سندی منحصر به فرد در تاریخ معاصر ایران حاوی ناگفتههای فراوانی از کارنامه او و انقلاب اسلامی است.
خاطرات سال۱۳۷۹ از سالی پر التهاب و پرحادثه است که دولت اصلاحات و مجلس ششم با اکثریت طرفدار دولت، درون بحرانهای پیاپی گرفتار آمدند. در این سال هم آیت الله هاشمی وزنه تعادل را ایفا میکرد و تلاش او صرف اعتدال در فضای سیاسی و تعدیل تندرویهای چپ و راست میشد.
یکی از مهمترین انتقادات جریان راست به دولت اصلاحات حول سیاستهای این دولت برای آزادیهای سیاسی و اجتماعی، صورتبندی میشد. این فضا که موضوع داغ روزنامههای آن زمان و تریبونهای رسمی ائمه جمعه بود، محافل سیاستمداران را نیز تحت تاثیر قرار داده بود.
بمب خبری شب عید سال ۱۳۷۹، ترور سعید حجاریان عضو شورای شهر تهران بود. بررسی خاطرات آیت الله هاشمی نشان میدهد ترور حجاریان محل منازعه جدی جریان چپ و راست که موافقان و منتقدان دولت خاتمی را تشکیل میدادند، شده بود. ترور حجاریان به مرور میان قوه قضاییه و وزارت اطلاعات و حتی درون نیروهای وزارت اطلاعات، محل منازعه شده بود.
در چنین شرایطی، آیت الله هاشمی در خاطرات روز چهارم فروردین۱۳۷۹ مینویسند:
«پیش از ظهر دکتر حسن روحانی (دبیر وقت شورای عالی امنیت ملی) آمد. دو ساعتی درباره مسائل مهم کشور و انقلاب مذاکره کردیم. هر دو قبول داریم اگر وضع به همین منوال پیش برود، انقلاب اسلامی جای خود را به حکومت سکولار خواهد داد و اگر سخت گیری شود مردم سالاری نظام ممکن است آسیب ببیند و رعایت اعتدال و دادن امتیازاتی از سوی رهبری ضمن کنترل جریانهای غیر دینی، میتواند وضع را مهار کند.
ایشان از قول آقای علی ربیعی گفت یکی از محافظان آقای خاتمی، قصد ترور ایشان را داشته و دستگیر شده است. میگویند به خاطر مشاهده جریانهای غیراسلامی و عدم قدرت و تحلیل وضع موجود، به این فکر افتاده و از یکی از مراجع هم سوال کرده است. گرچه ایشان، او را نصیحت کرده که این افکار را از سر بیرون کند، ولی او منع را نفهمیده است. مقداری هم راجع به راهکارهای جلوگیری از افراط و تفریط صحبت کردیم.»
آیت الله هاشمی در سال۱۳۷۹ به عنوان رئیس مجمع تشخیص مصلحت نظام، به دور از مسئولیتهای مستقیم اجرایی فرصت افزون تری برای پرداختن به جزئیات خاطرات روزانه خود داشت. ویژگی خاطرات دوران پسا ریاست جمهوری علاوه بر ثبت جزئیات، تحلیلی شدن نسبی خاطرات است.