مزار شریف، نام و جایگاه خود را پس از پیداشدن قبری منسوب به حضرت علی بن ابیطالب (یا امامزاده علی) در زمان سلطان سنجر سلجوقی در یکی از روستاهای بلخ به دست آورد.
سپس سلطان حسین بایقرا گنبد و بارگاهی روی آن بنا کرد. این مسجد میزبان مراسمهای مختلفی از جمله شمعافروزی در شب برات (نیمه شعبان)، برافراشتن عَلَم سخی علی در اول فروردین، حمل و میله گل سرخ است. برخی از حاکمان، عالمان و صوفیان در کنار مرقد، دفن شدهاند.