کمتر از چهار هفته دیگر محمد مخبر که پس از درگذشت ابراهیم رئیسی، سرپرست دولت سیزدهم را بر عهده داشت، پاستور را به مسعود پزشکان، رئیسجمهور منتخب تحویل میدهد. او تمام تلاشش را در این یک ماهونیم برای دولت انجام داد تا چیزی از مدار خارج نشود. مخبر حتی در تبلیغات انتخاباتی نیز تا آنجایی که میتوانست جلوی بودجهها و دخالت دولتیها را هم گرفت. هرچند مردان دولت سیزدهم چندان گوش شنوایی نداشتند. شاید او را بتوان یکی از معدود افراد مسئولیتپذیر دولت سیزدهم دانست که حرف و عملش یکی است. به طوری که مسعود پزشکیان در نامهای به مخبر خواست تا مراقبت کند که تا استقرار دولت چهاردهم دو مورد حتماً رعایت شود. «نخست اینکه در هیچ یک از وزارتخانهها و معاونتهای ریاست جمهوری ازجمله در شرکتهای تابعه یا وابسته به دستگاههای یاد شده جز انجام امور متعارف و پرداختهای جاری از عقد یا عملیاتی کردن قراردادهای جدید یا ایجاد هرگونه تعهد به هر شکل ازجمله صدور احکام اداری و تعهدآور) همچنین عزل و نصب افراد و هر نوع استخدام یا بهکارگیری نیروی جدید به هر شکل خودداری شود در موارد اجتنابناپذیر انجام این امور با کسب مجوز کتبی از جنابعالی بلامانع خواهد بود. دوم، مصوبات هیات وزیران سیزدهم که دارای بار یا آثار مالی بوده و تاکنون ابلاغ نشده پس از هماهنگی با اینجانب ابلاغ شود». احتمالاً پزشکیان این را خوب میداند که مخبر تمام تلاشش را برای حفاظت از این مساله به کار خواهد گرفت. به طوری که شخصاً بخشنامهای را در ١٢ خرداد ماه امسال به تمام دولت مبنی بر عدم هرگونه جابهجایی تا استقرار دولت جدید ابلاغ کرد. هرچند طبق روال زمزمه سرپیچی باقی افراد شنیده شد و حمیده زرآبادی، سخنگوی ستاد پزشکیان به این روند واکنش نشان داد و در ایکس خواستار ورود هرچه سریعتر سرپرست ریاستجمهوری شد. مخبر نیز قول داد که تخلفات را پیگیری خواهد کرد.
حال با اینکه محمد مخبر جزو یکی از دولتمردان محسوب میشود، اما پیگیریهایش برای اجرای قانون حتی باعث تحسین جناح منتقدش نیز شد. مثلاً محمدجوادآذریجهرمی از همکاری مخبر در تحویل و تحول دولت در مدتزمان سرپرستی مدیریت دولت تشکر کرد و گفت: «رئیسجمهور منتخب در ۴۸ ساعت گذشته و پس از استماع گزارشهای مهم از شرایط کشور به زودی به میان کارآفرینان و تولیدکنندگان خواهند آمد و سخنان آنان را بیواسطه خواهند شنید». همچنین عباس عبدی در یادداشتی که در اعتماد منتشر شد، کسی را به جز مخبر لایق ریاست قوه مجریه ندانست و نوشت: «خبر، دم جبهه پایداری را در دولت قیچی کرد. منتقدین و حتی اصلاحطلبان، آقای مخبر را صد برابر به امثال پایدارچیها ترجیح میدادند و رضایت میداشتند. قطعاً در انتخابات شرکت نمیکردند، ولی عصبانی هم نمیشدند».
در انتخابات ریاستجمهوری، مخبر بهنوعی جلوی پایداریها ایستاد و نخواست تا وزن یک جریان را افزایش دهد. البته چالش میان او با زیرمجموعههای حامی جلیلی و پایداری از بدو تشکیل دولت وجود داشت و اینک به اوج خود رسیده است. حتی زمانی که محسن منصوری، معاون اجرایی رئیسجمهور بهعنوان رئیس ستاد سعید جلیلی منصوب شد، واکنش تند محمد مخبر را در موضوع و دیگر سوءاستفادهها از امکانات دولت در پیش داشت. آنطور که خبرگزاریها منتشر کردند، محمد مخبر در تماس تلفنی با محسن منصوری به دلیل درگیر کردن دهیاریها در انتخابات بهنفع یک نامزد بهشدت به او تذکر داد. شنیدهها حاکی از این است که چالش بین مخبر و منصوری پس از این اتفاق بالا گرفت، زیرا طبق اسناد منتشر شده در سایتهای مختلف، یکی از این نامهها درخواست ١٠٠ میلیارد تومان «خارج از شمول» و دیگری هم درخواست ١٠٠ میلیارد تومان برای گروههای جهادی در روستاها بود. هرچند که محسن منصوری با تکذیب این خبر اعلام کرد: «وقتی دروغگویی، جعل خبر و نشر اکاذیب هیچ هزینهای نداشته باشد، بازار خلافگویی داغ میشود». اما سرپرست دولت و جانشین موقت ابراهیم رئیسی در انتخابات ١٤٠٣ سربلند بیرون آمد و پس از اعلام نتایج نهایی در گفتوگویی که با KHAMENEI.IR داشت، تاکید کرد: «دولت و برگزارکننده انتخابات باید از حقالناس به تمام و کمال مراقبت و صیانت کند. تحقق این امر جز با بیطرفی، شدنی نیست».
مشکلات تندروها با مخبر به شروع حیات قوه مجریه و پس از سال ١٤٠٠ برمیگردد. درست همان زمان که سال اول شروع به کار دولت سیزدهم، محسن رضایی و سیدصولت مرتضوی از کمیسیون اقتصادی دولت خارج شدند و محمد مخبر که در زمان معاون اول شدن مخالف چندانی نداشت، این بار با مخالفانی از جنس اصولگرایی روبهرو شد که حتی برخی از این مخالفها از ابراهیم رئیسی درخواست داشتند که مخبردزفولی از معاون اولی دولت برکنار شود، زیرا عامل خروج رضایی و مرتضوی، مخبر است؛ بنابراین اصولگرایان به ضعف در موضوع اقتصادی میپرداختند. مثلاً منصور حقیقتپور گفته بود: «معلوم نیست چه کسی مسئول هماهنگی تیم اقتصادی است. از سوی دیگر آقای مخبر واقعاً اقتصاد را به صورت علمی نمیداند و واقعاً هماهنگی امور اقتصادی از عهده او خارج است». اما در کنار هجمههای اقتصادی او از سوی اصولگرایان، برخی دیگر از اصولگرایان که خاستگاه فکری آنها به نزدیکان محمدتقی مصباحیزدی و جبهه پایداری نزدیک است برای برکناری او خیز برداشتند و به دنبال قانع کردن ابراهیم رئیسی برای این تصمیم بودند که البته در این راه موفق نشدند. جواد کریمیقدوسی، نماینده مجلس یازدهم و از اعضای جبهه پایداری در توئیترش این درخواست را مطرح کرد و نوشته بود: «رئیسجمهور محترم تاکید دارم بنا بر مشاهدات عمومی، جناب مخبر از توانایی لازم برای این جایگاه برخوردار نیست؛ ایشان برای حفظ فردایش هزینه میکند و توانایی اقناع جامعه را ندارد. ماندن ایشان برای یک ساعت هم ضرر است» یا حسین میرزایی، دیگر نماینده اصولگرای مجلس یازدهم مرداد ماه سال گذشته همین درخواست را با زبانی دیگر از ابراهیم رئیسی داشت. او در توئیتر نوشته بود: «جناب آقای رئیسجمهور؛ اگر فرمانده اقتصادی شما آقای مخبر است، شکست شما در این جنگ اقتصادی قطعی است! معاون اول خود را تغییر دهید». این روند تا جایی پیش رفت که شایعه برکناری مخبر در فضای مجازی پیچید و احسان صالحی، دبیر شورای اطلاعرسانی دولت اعلام کرد که از عوامل انتشار شایعه دروغ برکناری معاون اول رئیسجمهور به طور رسمی شکایت شد.
در عین حال برخی از کارشناسان سیاسی نیز معتقدند جبهه پایداری که در سالهای اخیر به دولت سایه معروف شده است در ابتدای شکلگیری دولت سیزدهم قصد داشت تا مهرههایی مانند محمد مخبر که جایی در مختصات آنها ندارد را حذف کنند. زیرا دو گزینه رقیب مخبر در آن زمان، یعنی پرویز فتاح و محمدهادی زاهدیوفا، سرپرست سابق وزارت کار به پایداریها نزدیکتر بودند. اما رئیسی به نفع طیف پایداری قدم برنداشت و البته مخبر هم در زمان درگذشت رئیسش به او وفادار ماند.
محمد مخبر از سال ۱۳۸۶ ریاست ستاد را بر عهده داشت. در سال ۱۳۸۶ و با روی کار آمدن محمد مخبر رویکرد جدید فعالیتهای اجتماعی و اقتصادی برای ستاد از سوی رهبر معظم انقلاب با هدف فراهم آوردن امکان مشارکت مردم بهویژه کارآفرینان، مخترعان و نخبگان کشور با اولویت دادن به قشرهای محروم جامعه در مناطق محروم کشور آغاز شد. بنیاد برکت که در زمینههای اشتغالزایی و عمرانی فعالیت میکند، آذر ۱۳۸۶ دو ماه پس از روی کار آمدن محمد مخبر کار خود را آغاز کرد.
سال ١٤٠٣ از مخبر به عنوان یکی از گزینههای احتمالی برای نامزدی ریاستجمهوری نام میبردند، اما قبول نکرد و گفته علی بهادریجهرمی، سخنگوی دولت سیزدهم، دلیل نیامدنش به عرصه رقابت این بود که او بر این نکته نیز توجه داشت اگر وارد رقابت انتخاباتی شود شاید نتواند در این مدت و تا زمان استقرار رئیسجمهور جدید، مسئولیت امور دولت را به نحو احسن انجام دهد.