پیرامون عملکرد وزارت اطلاعات در دوران خاتمی يك تحليلگر سياسي معتقد است:« وزارت اطلاعات در زمان آقاي خاتمي دست به اصلاحات جدي زد و نماد آن را آنچنان يافتيم كه در سالهاي بعد از 1377 شاهد يك وزارت اطلاعاتي بوديم كه تا حد زيادي توانست به بازسازي شان و شخصيت خود اقدام كند.»
محمدجواد مظفر در گفتوگو با ايسنا به تحولات مثبت انجامشده در زمان خاتمي در وزارت اطلاعات اشاره كرد و افزود:« درعصر رياست جمهوري خاتمي براي اولين بار ايران شاهد يك انتقاد از خود حكومت به شيوهاي جسارتآميز و شجاعانه شد به اين معنا كه براي اولين بار در تاريخ ايران، حكومت حاضر شد كه بپذيرد كه يكي از ارگانهاي محوري آن دست به خطايي زده است و از آن بابت عذرخواهي كرد.»
وي افزود:« مهمتر اين كه اين انتقاد از خود دامن تشكيلاتي را گرفت كه قاعدتا به طور سنتي بايستي دورترين سازمان و تشكيلات از حوزه انتقاد و نظارت باشد و اين كار بزرگي بود كه خاتمي كرد و حتي بسياري از ناظران سياسي و منصف در دوران معاصر آن را با نهضت ملي شدن صنعت نفت مقايسه كردند. در دو مقالهاي كه قبلا در سال 1377 نوشتهام مطرح كردهام كه دستگاه امنيتي هر كشور ميتواند رابطهاي صميمانه و تنگاتنگ با حوزههاي فكري، انديشهاي و روشنفكران و نخبگان داشته باشد. روشنفكران و نخبگان بايد احساس كنند كه دستگاه امنيتي در مقابل آنها نيست بلكه مأموريت اصلي خود را حفظ و حراست كشور از نفوذ بيگانگان، حفظ تماميت ارضي و استقلال كشور ودفاع از منافع ملي و . . . بداند.»
وي ادامه داد:« اما متأسفانه وقتي در وزارت اطلاعات از سال 1377 تحولاتي ايجاد شد اقتدارگرايان دست به ايجاد تشكيلات امنيتي موازي زدند و كارهايي كه از سال 1378 به بعد شاهد بوديم به تدريج به ويژه در دوره دوم رياست جمهوري خاتمي بيشتر شد.»
عضو شوراي مركزي انجمن دفاع از آزادي مطبوعات معتقد است:« باعث تأسف است كه برخي در مجلس با ارائه طرحي خواستار الحاق موادي به وزارت اطلاعات شدهاند و حتي بسنده به اين نميكنند كه درحال حاضر تمامي اركان حكومت را در اختيار دارند و وزارت اطلاعات هم يكي از اين اجزاست كه به طور كامل در اختيار آنها قرار گرفته است. اينها ميخواهند قدم به قدم تمامي اجزاي حكومت را از زير نظارت مردم خارج و گام به گام چهره مردمسالار حكومت را خدشهدار نمايند.»
وي با بيان اينكه اگر چنين اقدامي صورت گيرد، بدون ترديد اقدام مناسبي نيست، خاطرنشان كرد:« در واقع حسن وزارت اطلاعات و وزارت بودن آن اين است كه اجزا و اركان آن ميتواند تحت نظارت مردم از طريق نمايندگان خود باشد و نمايندگان مجلس قادر به استيضاح وزير اطلاعات هستند.»
به اعتقاد اين تحليلگر سياسي، وزير اطلاعات در هر دولتي بايد فردي باشد كه ضمن اتكاء بر مديريت علمي، تفكر و آشنايي با مقوله اطلاعات و امنيت سابقه قدرت مديريتي بر اين نوع مراكز را داشته باشد. رويكرد وزير اين وزارتخانه بايد به اين سمت باشد كه تنها مأموريت آن حفظ استقلال، تماميت و منافع ملي در برابر مطامع بيگانگان و جلوگيري از جرياناتي كه با رويكرد برانداز با حكومت برخورد ميكنند، است و بايد در كنار اين وظيفه رحمت و صميميت با ساير نيروها و ايجاد زمينه براي توسعه و رشد فعاليت احزاب و NGOها و فعاليتهاي مردمي احساس شود