آخوندی طی نامهای خطاب به مدیرعامل بانک شهر از وی خواست با توجه به مسئولیت وی در کمیسیون برنامه و بودجه شورای شهر تهران، فرد دیگری را به عنوان عضو هیات مدیره معرفی کند. قرار است از سوی بانکشهر فرد جایگزین به زودی معرفی شود.
در چند ماه گذشته جلسات هیات مدیره به طور منظم برای حل مشکلات ساختاری، مالی و اقتصادی، درآمدزایی، پروندههای حقوقی، حسابرسی و موضوعات مربوط به آکادمی باشگاه برگزار شده و این روند همچنان ادامه خواهد داشت.
محمد آخوندی در نامه خود به مدیرعامل بانکشهر تاکید کرده است: به عنوان نماینده مردم شریف تهران در شورای شهر همچنان در خدمت باشگاه مردمی پرسپولیس خواهم بود و امیدوارم موفقیتهای پرسپولیس ادامه داشته باشد.