یکی از بزرگترین مشکلات پرسپولیس در این فصل مصدومیتهای پرشمار ستارههای این تیم بود. آمار مصدومیتهای بازیکنان پرسپولیس به حدی بالا بوده که این موضوع به محل اعتراض هواداران پرسپولیس تبدیل شد. آنها این سوال را از کادرپزشکی پرسپولیس میپرسند که چطور این تعداد مصدوم برای اکثر بازیها دارند و اوضاع برای کادر فنی پرسپولیس هم به شدت سخت شده است.
هرچند تمرینات سفت و سخت ابتدای فصل و بدنسازیهای متوالی در کنار تمرینات عجیب گاریدو برای بازیکنان پرسپولیس هم تاثیر زیادی داشت و باعث شد خیلی از بازیکنان پرسپولیس در طول این فصل مصدوم شوند. همین حالا به غیر از چند بازیکن پرسپولیس که سرما خوردند، امید عالیشاه و ایوب العملود مصدومان پرسپولیس هستند و مشخص نیست چه زمانی به میادین باز خواهند گشت.
این دو بازیکن در کنار وحید امیری و اوستون اورونوف بازیکنانی هستند که بیشترین مصدومیت را در طول این فصل داشتند و بازیهای زیادی را از دست دادند. ایوب المعلود مدافع راست مراکشی پرسپولیس در این فصل در مجموع چهار تورنمنت مختلف ۱۶ بازی را به علت مصدومیت از دست داده است که در نوع خودش عجیب است.
همچنین امید عالیشاه کاپیتان تاثیرگذار پرسپولیس در این فصل در مجموع لیگ برتر، جام حذفی، لیگ نخبگان آسیا و سوپرجام ۱۷ بازی رو تا به الان از دست داده است. طولانیترین مدت مصدومیت امید عالیشاه در این فصل مربوط به شکستگی دندان و بینی این بازیکن در لیگ نخبگان آسیا برابر الریان قطر بود که در مجموع ۶ بازی را از دست داد.