آفتاب: یكی از اولین كسانی كه از شهادت مرحوم حاج مصطفی مطلع شد سید محمود دعایی بود. او اتفاقات شب و روز شهادت سید مصطفی خمینی را چنین شرح میدهد؛
آن روز صبح، من برای تهیه نان بیرون رفته بـودم. هـنـوز آفـتاب نزده بود، دیدم، ننه صغری كه بسیار مورد احـتـرام ما بود؛ فریاد میكشد و پای برهنه میدود و به سرش میزنـد. من از دیدن این صحنه بسیار متأثر شدم. پیرزن میگفت: خاک بر سرم شد، آقا بدو. من فوقالعاده وحشتزده شدم و به ذهنم چیز دیگری آمد. گفتم؛ چی شده؟ گفت: آقا مصطفی مریض است. سراسیمه رفتم دیدم كه آن مرحوم پشت سجادهشان دراز كشیدهاند.
ابتدا بسیار تلاش كردم با پزشكان بیمارستان نجف تماس بگیرم ولی ایـن توفیق را نداشتم، بلافاصله خود را به بیمارستان رساندم، آنهـا آنقـدر آمـادگی نداشتند كه یک آمبولانس بفرستند، این لحظات بـرای مـن بـسـیـار سخت میگذشت. آنجا تصمیم گرفتم این خبر را بـدون ایـن كـه ایجاد وحشت و نگرانی كند به منزل امام برسانم ـ ایـنطـور خبرها را باید خیلی حسابشده و به اصطلاح با ظرافت به بـسـتگان رساند ـ طلبهای آنجا بود، به او گفتم: به منزل امام مـیروی و فـقـط احمدآقا را خبر میكنی و میگویی خیلی فوری به مـنزل اخوی سر بزند. آن طلبه هم رفت و احمد آقا را صدا زد و ما مـوفـق شـدیم با یک تاكسی كه به زحمت میتوانست به كوچه بیاید، ایـشـان را بـه بـیمارستانی منتقل كنیم. متاسفانه در بیمارستان پـزشـک كشیک پس از معاینات اولیه تشخیص داد ایشان از دنیا رفتهاند.
بـا عـلائـمی كه روی پوست بدن وجود داشت، مشخص بود كه مرگ طبیعی نـبـوده است و ناشی از مسمومیت میباشد. در خارج از بیمارستانی كه حاج آقا مصطفی(ره) را به آنجا انتقال دادیم، یک ماشین نمره تـهـران بـود كـه پس از شنیدن خبر مرگ ایشان به طرف بغداد حركت كرد. در همان لـحـظـات اولیه كه امام از مرگ فرزند آگاه شده بودند.
بعد از شهادت ایشان امام در پیامی كوتاه، خبر چنین نوشت:
انا لله و انا الیه راجعون
در روز یكشنبه نهم ذی القعده الحرام 1397 مصطفی خمینی، نور بصرم و مـهـجـه قـلبم دار فانی را وداع كرد و به جوار رحمت حق تعالی رهسپار شد.
اللهم ارحمه واغفر له واسكنه الجنه بحق اولیائک الطاهرین علیهم الصلوه والسلام.
نـماز را آیتالله خوئی بر بدن شهید حاج آقا مصطفی خمینی اقامه كـرد و پـس از تشییع مفصل و باشكوه كه بسیاری از ایرانیها نیز شـركـت داشـتند، پیكر مطهرش را در حرم امام علی(ع) در كنار قبر آیتالله كمپانی اصفهانی به خاک سپردند.