در همان روزها که خرمشهر در اشغال نیروهای بعثی بود، حضرت آیتالله خامنهای نامهای به بنیصدر نوشته و فرمودند که با اتخاذ تدابیر نظامی صحیح میتوان از اشغال خرمشهر جلوگیری کرد. ایشان همچنین در این نامه هشدار دادند که در صورت استقرار دو تیپ زرهی در اطراف سوسنگرد، میتوان از سقوط شهر جلوگیری به عمل آورد.
حضرت آیتالله خامنهای در تاریخ ۳۱ خرداد ۶۰ در جلسه بررسی کفایت سیاسی بنیصدر که پس از ۲۰۹ روز از اشغال خرمشهر برگزار میشد، به این مکاتبه اشاره کرده و بیکفایتی رئیسجمهور وقت را عامل اصلی سقوط این شهر دانسته و فرمودند: در نامهای که اینجاست و دو سه روز قبل از این حادثه دردناک به ایشان [بنیصدر] نوشتهام، چنین گفتهام: در مورد خرمشهر و آبادان نظر من این بوده و هست که این دو شهر را باید دو گردان پیاده مکانیزه یا یک گردان پیاده و یک گردان زرهی در دو سوی این شهر، یعنی یکی در محور خرمشهر-شلمچه و دیگری در تقاطع خطوط ماهشهر–آبادان و اهواز-آبادان حفاظت کنند. تانکها در سنگر قرار گیرند و از آسیب ضد تانک دشمن محفوظ بمانند و از پیشروی دشمن جلوگیری کنند و برای نیروهای ضد تانک ما این فرصت را فراهم کنند که به دشمن دستبرد و آسیب وارد آورد.