دکتر محمدجواد ظریف وزیر خارجه کشورمان در رشته توئیتی نوشت: تروریست ها یک دانشمند برجسته ایرانی را به قتل رساندند. این بزدلی که در آن نشانه هایی جدی از نقش اسرائیل وجود دارد، بیانگر جنگ طلبی عاملان این اقدام از سر استیصال است. ایران جامعه بین المللی بویژه اتحادیه اروپا را به دست برداشتن از استاندارهای دوگانه و محکومیت این اقدام ترور دولتی فرامی خواند.
پیش از این وزیر خارجه جمهوری اسلامی ایران به زبانهای انگلیسی، روسی، چینی و عربی، ترور شهید فخریزاده را محکوم کرده بود و از جامعه جهانی تقاضا کرده بود که مقابل این اقدام تروریستی سکوت اختیار نکنند.