متن پیام تسلیت حسین امیرعبداللهیان در این ارتباط به شرح زیر است:
« با قلبی آکنده از اندوه و تاسف، خبر ارتحال استاد متعهد، متخصص، مردمدار، دغدغهمند و با اخلاق دانشگاه تهران، دکتر محمدعلی شیرخانی را دریافت کردم.
اینجانب در سالهای دانشجویی در دانشگاه تهران، افتخار آموختن و کسب دانش و اخلاق از محضرشان را داشتم.
بی تردید فقدان این استاد برجسته رشته اقتصاد سیاسیبین الملل و مدیر شایسته دانشگاهی، خسارت مهمی به جامعه علمی ایران بشمار می رود.
ارتحال این استاد فرهیخته و خدوم را به جامعه علمی کشور، اساتید، کارکنان، دانشجویان و فارغ التحصیلان دانشکده حقوق و علوم سیاسی دانشگاه تهران و همسر محترم، فرزندان و خانواده معزز ایشان، صمیمانه تسلیت می گویم.
از خدای سبحان برای روح بلندش، علو درجات و محشور بودن با حضرت امیرالمومنین امام علی(ع) را مسئلت دارم.»